"Manualmente", cheira-me a demasiado tempo perdido no caso de serem muitas quests para serem apagadas...
Podes sim apagar todas as quests que quiseres, no entanto vais ter de ter em atenção que algumas delas são necessárias para items (Chamar cavalo, almas, mudar sexo, etc.). Depois só tens de correr o ficheiro qc para cada quest. Normalmente existe um script (nome do ficheiro costuma ser "make" e encontra-se na pasta "quest) que faz isso automaticamente a todas as quests que colocas numa lista (edita o ficheiro "make" com um editor de texto para descobrires o nome do fichero onde colocas a lista das quests).